La iglesia estaba en el bosquejo general del plano del Real Colegio de Valladolid presentado por D. Ventura Rodríguez en 1759 y fue mandado ejecutar por el P. Ambrosio de San Agustín.
No se comenzaron las obras de la iglesia hasta el día 22 de noviembre año 1853, casi un siglo después de haberse inaugurado las obras del Real Colegio (12 de noviembre de 1750).
Las obras las dirige el arquitecto Blas Crespo y después el renombrado arquitecto Fr. Miguel Chano, benedictino de la abadía de Sahagún.
Continuó la edificación hasta el 1 de diciembre de 1860, quedando la iglesia elevada a 20 pies de altura, y la fachada hasta cerrar el óvalo o lucera, que tiene sobre su puerta principal. La Revolución de 1868 con la guerra civil que sobrevino, en cuyo tiempo se destinó parte del Colegio a hospital de heridos, fue una de las causas de la prolongada suspensión de las obras. Mas el 21 de abril de 1883 se reanudaron los trabajos, bajo la sabia dirección del arquitecto Jerónimo Ortiz de Urbina, ayudado por su hijo Antonio, y se logró entonces elevar la iglesia hasta la cornisa interior o arranque de la cúpula, y terminar los dos coros, alto y bajo, la sacristía y el frontispicio triangular de la fachada, quedando sólo, al exterior, por construir, las dos torres, los adornos que actualmente coronan el cartabón y la bella cúpula.
La iglesia está construida sustancialmente, fuera de ligeras modificaciones, según los planos originales, que se conservan en el Archivo del Real Colegio, firmados por el célebre arquitecto Ventura Rodríguez (La iglesia está rigurosamente construida según los planos de Ventura Rodríguez. La única modificación que se introdujo al construir la cúpula, fue sustituir los lunetos que figuraban en los planos primitivos por unos anchos ventanales, para dar más luz a la espaciosa rotonda), con fecha de 18 de octubre de 1760 y aprobados por la Real Academia de Nobles Artes de S. Fernando el 5 de febrero de 1854.
Por la pérdida de las Islas Filipinas, para la Corona de España, se suspendieron las obras de la iglesia.
Contra toda previsión humana cambiaron las circunstancias haciéndose propicias para llevar a feliz término la suprema aspiración. Y en la Congregación Intermedia, celebrada en Madrid el 19 de julio de 1924, el Provincial con el consentimiento del Definitorio, acordó la prosecución de las tantas veces interrumpidas obras.
El 25 de mayo de 1925 quedó definitivamente cerrado el contrato con el acreditadísimo arquitecto de Bilbao José María Basterra, y el 26 de julio del mismo año comenzaron los trabajos preliminares para la construcción de la grandiosa cúpula, obra realizada por los hermanos Anduiza de Bilbao.
El resto de la obra, en cuanto a albañilería y cantería se refiere, es del probo maestro de obras vallisoletano Alejandro Bolado en compañía de Emilio Chico. Con tal celeridad se llevó a cabo la ardua empresa, merced en gran parte a los entusiastas impulsos que le prestó el P. Provincial, Fr. Gaudencio Castrillo, que a 22 de agosto de 1926, la Cruz coronaba el punto más culminante del cupulín o linterna, y el 6 de agosto de 1927 eran terminadas las dos torres laterales, que flanquean los extremos de la fachada. El 27 de febrero de 1927 el joven pintor Mariano L. García Maestro daba principio a la ornamentación de la hermosa cúpula, y sin interrupción.
El 14 de octubre del 1927 el Arzobispo de Valladolid D. Remigio Gandásegui, consagró solemnemente, bajo la advocación de Ntra. Sra. de la Consolación, San Agustín, Santa Mónica, Santo Tomás de Villanueva, San Juan de Sahagún y Beato Alonso de Orozco, las seis campanas fundidas en los renombrados talleres del Sr. Cabrillo de Salamanca, y el 24 del mismo mes quedaron definitivamente colocadas en sus respectivas torres.
No queremos cerrar este bosquejo histórico, sin hacer una bien merecida conmemoración del P. Anselmo Polanco, si no único, principalísimo impulsor de la obra, que vio reanudada y terminada durante su rectorado. (El nombre de varón tan prudente y celoso será recordado así dentro como fuera del claustro: de él puede decirse que habiendo venido a la hora de nona para laborar en la obra tantos años atrás comenzada, superó en celeridad, entusiasmo y decisión a los que desde las primeras horas, soportaron el peso del día y el calor.)
El día 4 de mayo de 1930 (día señalado para la inauguración del nuevo templo, pero que necesidades inaplazables impidieron, el P. Provincial P. Gaudencio Castrillo, asistido por los PP. Definidores P. Felipe Landáburu y P. Anselmo Polanco, bendijo solemnemente la iglesia y a partir de aquel día comenzó la Comunidad a tener en ella los rezos y demás actos de culto, esperando el día de su definitiva apertura al público.
El 12 de junio, de este mismo año 1930, en la fiesta de San Juan de Sahagún, se efectuó la consagración de la nueva iglesia del Real Colegio Seminario de los PP. Agustinos Filipinos de Valladolid, iglesia cuyo titular es el dulcísimo nombre de Jesús. Ofició este ceremonial el Prelado Dr. Gandásegui.
