El Real Colegio de los PP. Agustinos Filipinos fue fundado con autorización por un Breve del papa Clemente XII el 10 de marzo de 1736 y patrocinado por el rey Felipe V por Real Cédula del 31 de julio de 1743. La construcción del edificio, de estilo neoclásico y diseñado por el arquitecto Ventura Rodríguez, se inició en 1759.

La obra de la iglesia, que formaba parte de los planos iniciales, comenzó el 22 de noviembre de 1849, pero no recibe un impulso definitivo hasta la Congregación Intermedia de 1924, siendo provincial el P. Francisco Álvarez. En el capítulo provincial de 1926 se ratificó lo ejecutado hasta entonces y comenzaron los trabajos para culminar tanto la fachada con las torres como la parte interior. La iglesia fue construida en forma de rotonda, y destaca la decoración realista con pintura al óleo, así como las pinturas que representan a santos y beatos de la Orden.

El templo fue bendecido por el provincial fray Gaudencio Castrillo el 4 de mayo de 1930, y consagrado por el Arzobispo de Valladolid, Remigio Gandásegui, el 12 de junio siguiente, dedicándolo al “Dulcísimo Nombre de Jesús”, y ya en 1972 se constituyó como Parroquia San Agustín.

Pertenece al Arciprestazgo Centro, de Valladolid.